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CGIはどのように設置・設定したらいいでしょうか?また、CGIのパスはどうなりますでしょうか?

CGIは通常であれば、設置されたドメインのrootにftpで接続していただきますと、/cgi-bin/というフォルダがあります。こちらにアップ、設置・設定していただきますと、http://お客様ドメイン名/cgi-bin/cgiの初期アドレスという形でアクセスができるようになります。

CGIのパスは
#!/usr/bin/perl
になります。

パーミッション(属性)の設定を間違えないように設定してください(通常は755)。